Das Doping-Kontroll-System (DKS) übernimmt in enger Zusammenarbeit mit einer externen Organisation (zurzeit die Firma PWC GmbH) die Planung, Durchführung und Überwachung von Dopingkontrollen außerhalb und partiell innerhalb von Wettkämpfen. Die beiden deutschen Labore, das Institut für Biochemie der Deutschen Sporthochschule Köln und das Institut für Dopinganalytik und Sportbiochemie Dresden sind im Auftrag der NADA für die Analyse der Urin- und Blutproben zuständig.

Mit der Gründung der NADA übernahm das DKS zunächst die Kontrollen außerhalb von Wettkämpfen und führte bis einschließlich 2007 ca. 4.500 Trainingskontrollen durch. Ab 2008 wurde die Anzahl der Kontrollen annähernd verdoppelt.

Laut Stiftungsverfassung ist das Ziel der NADA, ein einheitliches Doping-Kontroll-System für Deutschland umzusetzen, also auch die Kontrollen bei Wettkämpfen zu übernehmen. Bisher übernimmt die NADA nur teilweise Wettkampfkontrollen, die auf Grundlage individueller Vereinbarungen mit Verbänden, Ligen und Projektpartnern erfolgen. Für die Dopingkontrollen außerhalb dieser Vereinbarungen sind die Sportfachverbände zuständig. Seit 2008 konnte die Anzahl der seitens der NADA übernommenen Kontrollen jedes Jahr verdoppelt werden, so dass im Jahr 2011 bereits über 1.000 Wettkampfkontrollen von der NADA durchgeführt wurden.

Seit 2011 übernimmt die NADA im Auftrag des Deutschen Olympischen Komitees für Reiterei (DOKR) zudem den Aufbau eines Kontrollsystems für die sogenannten Medikationskontrollen bei Pferden außerhalb des Wettkampf.

Zudem übernimmt die NADA national und international auch Kontrollaufträge für Dritte (wie die WADA sowie internationale Sportfachverbände).

Eine Liste der durchgeführten Dopingkontrollen finden Sie in den jeweiligen Jahresberichten.